El CIBTA investiga temas vinculados a la salud ambiental y animal, utilizando modelos biológicos y herramientas tecnológicas para monitorear y evaluar el impacto ambiental. Este centro trabaja en líneas de acción que incluyen el monitoreo de bioindicadores animales (anfibios, reptiles) y vegetación para evaluar la calidad ambiental, estudios sobre contaminación del aire y cuerpos de agua, análisis de salud animal mediante células sanguíneas, investigación en crecimiento y metabolismo óseo usando modelos animales y aplicación de tecnologías SIG y simulaciones para monitoreo y análisis ambiental.

El centro también realiza validaciones, certificaciones y asesoramiento ambiental para instituciones, organizaciones y empresas. Transfiere sus resultados a través de publicaciones científicas e informes técnicos, y forma recursos humanos especializados. Entre los problemas que aborda se destacan la certificación ambiental y el desarrollo de modelos de biorremediación aplicables a distintos contextos.