El Laboratorio de Indicadores Biológicos y Gestión Ambiental de la Calidad de Agua lleva a cabo el estudio de cuencas hídricas superficiales, la calidad del agua y de los Indicadores biológicos de calidad de agua. Este laboratorio trabaja en líneas de acción que incluyen la ecología acuática, la gestión ambiental, la elaboración de líneas de base con información sobre la calidad fisicoquímica, biológica (macroinvertebrados y fitoplancton) y microbiológica de la región, se da cumplimiento a aspectos técnicos, legales, y ambientales que son requisito obligatorio para empresas del sector público y privado, se lleva a cabo la transferencia del conocimiento/capacitación a diferentes actores de la sociedad en temas inherentes a la calidad del agua, ecología acuática y gestión ambiental de cuencas hídricas.