La estructura organizativa de la Facultad se encuentra distribuida en gran parte del territorio entrerriano como todas las facultades de la Universidad Autónoma de Entre Ríos, con el objetivo de brindar manera descentralizada la posibilidad de formación superior al interior de la provincia, teniendo en cuenta sus características geográficas y demográficas. Cuenta con 11 sedes, dos extensiones áulicas y una escuela pre-universitaria: el Colegio del Uruguay “Justo José de Urquiza”, ubicado en la ciudad de Concepción del Uruguay.